Sekolah ini diatur berdasarkan sistem pendidikan yang disebut "One-on-One Education" yang menggunakan pengajaran berbasis proyek untuk membantu siswa belajar dengan cara yang lebih efektif.

Sekolah ini menggunakan metode pembelajaran aktif yang berpusat pada siswa. Mereka memiliki tujuan untuk membantu anak-anak tidak hanya belajar tapi juga dapat menjadi lebih cepat, tanggap dan rasional.

Seharusnya siswa di kelas 3 Sekolah Menengah belajar dengan keras untuk bisa lolos dalam ujian mereka. Tetapi siapa sangka kalau mereka justru harus melawan makhluk asing aneh yang kemudian muncul dari langit.

Di hari pertamanya, Ia kemudian bertemu dengan seorang gadis yang cantik bernama Kokono. Singkat cerita, Ia kemudian berbincang dengannya dan wajah Haruomi Saito terlihat memerah. Ia ternyata menderita penyakit erythromania yang mengakibatkan Ia sering sekali merasa tersipu malu.